бычок является Python API для чтения двоичных файлов данных создается с помощью Бычок следующего поколения для управления данными framework.Normally, этот каталог поставляется как часть полного пакета Гоби, которую можно получить: http://goby.campagnelab.org/The полный пакет включает в себя код Java источника. Если вы скачали этот пакет из PyPI или другой Python-конкретного источника, вы, возможно, получили только Python часть code.Development WarningThe Бычок библиотеки Python не так развиты, как реализация Java. Это может быть более багги и не предназначен для обеспечения полного набора функций, которые находятся в version.Installation Java: 1. Убедитесь, что Python 2.5 или более новой. Если есть сомнения, выполните команду: питон-V 2. Скачать и установить условие питона пакетов: 1. Protocol Buffers, имеющийся в наличии http://code.google.com/p/protobuf/ или PyPI 2. pyjavaproperties - Python замену java.util.Properties, имеющийся в наличии http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties 3. Установить Бычок пакет: Python setup.py установки Этот шаг может потребовать суперпользователя privileges.Usage: Пример сценариев предоставляются чтобы продемонстрировать, как получить доступ к содержимому Бычок файлы в Python. * Вот как сканировать Бычок файл выравнивания: GobyAlignmentStats.py базовое имя (. Файлы basename.entries и basename.header должны выйти) * следующая команда выведет содержание выравнивание файл в текстовом виде: GobyAlignmentToText.py базовое * Следующая команда преобразует компактные читает файл в формате FASTA: GobyCompactToFasta.py file.compact считывает * следующая команда будет печатать статистику о содержании компактный читает файл: GobyReadsStats.py file.compact считывает